Fethullah Gülen iyice her yeri ele geçirdi. AK Parti'de tehlikenin farkına vardı. AK Parti'liler ilk defa polis ve özel yetkili savcıların ülkeyi yönetmeye çalıştığını gördü ve herşeyi fark etti. AK Parti hükümeti cemaatin tehlikeli olduğunu anlayınca düğmeye bastı. Bu ne demektir biliyor musunuz? Bu şu demektir, pişmanız, bu insanlara bu görevi verdiğimize pişmanız demektir. Sonuç olarak polislere ve savcılara özel görevler verip onları yükselten de AK Parti idi. Fethullah Gülen'in adamlarını her yere yerleştiren de yine AK Parti'dir.

AK Parti ve Gülen Cemaat çatışmasının nedeni, Türkiye'de ılımlı siyasal islamın geleceğini şekillendirmekti. Ancak bu hareket menfaatların çatıştığı noktada şimdilik yerini iki kanaattan oluşan parelel ve muhafazakar ılımlı siyasal islama bıraktı.   
AK Parti ve Cemaat olarak tanımlanan, “Gülen Hareketi”nin birlikte oluşturdukları iktidar bloğunun dağılması ve rakip konumuna gelmesi ülke gündemini her geçen gün, farklı boyutlara taşımaktadır.

AK Parti’nin iktidar olduğu 2002 yılından itibaren, aynı kökten "Nur Hareketi’nden" beslenen iki ayrı İslami oluşum,  “Milli Görüş” ve “Gülen Hareketi” iktidar olma ve devlet kadrolarını oluşturma konusunda mutabakat ve işbirliği içine girmişlerdir. Bu oluşumun yıllardan beri vermiş olduğu mücadele sonucu AK Parti iktidarı döneminde istedikleri hedefe varalarak, taki cemaat ile iktidarın menfaatların çakıştığı noktaya kadar.

AK Parti ilk iktidar döneminde, meşruiyet kazanmak ve sistem içinde var olma hedefi doğrultusunda Gülen Cemaati ile yoğun işbirliği yanında, AB projesine ağırlık vermiş, üyelik müzakerelerine ivme kazandırmış, neo-liberal politikaların uygulamalarını içtenlikle benimsemiştir. ABD ve Batı devletlerinin öngördüğü şekilde ılımlı İslam kimliği yanında, laiklik ilkesini kabullenmiş, batının değerleriyle uyumlu bir yönetim örneği sergileyerek,  Ortadoğu ve İslam ülkelerine model olabilecek bir ülke profili sergilemiş ve güven vermiştir.2007 yılında yaşanan Cumhurbaşkanlığı seçim krizinin erken seçime gidilerek sonlandırılmasını takip eden sürecin sonunda, vesayet kavgasında yeni bir aşamaya gelinmiştir. Ergenekon adı verilen eylemle ilgili Balyoz, Devrimci Karargah, KCK, Şike gibi torba davalarla çok sayıda tutuklamalar yaşanmıştır. Özellikle, Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği  Başkanı  rahmetli Türkan Saylan’ın gözaltına alınması, gazeteciler Nedim Şener ve Ahmet Şık’ın yazdıkları bir kitap nedeniyle tutuklanmaları söz konusu davaları kamuoyunda tartışılır kılmış, meşruiyetine gölge düşürmüş, cemaatin yargı ve emniyetteki gücü sorgulanmaya başlanmıştır.

İktidar bloğunu oluşturan iki güç arasındaki kamusal alandaki ilk çatışma, “Mavi Marmara” olarak tanımlanan süreçte yaşanmaya başlanmıştır. Bu olayda, Milli Görüş geleneğinden gelen kadrolarla, Fetullah Gülen cemaati arasında, İsrail’e karşı uygulanacak politika konusunda farklı duruş nedeniyle ayrışma ortaya çıkmıştır.  Küresel sistem içindeki  islami bir sivil toplum imajı nedeniyle Gülen Cemaati , ABD ve Batı’nın İsrail konusundaki hassasiyetine özen göstermiş, AK Parti’ye  aykırı pozisyon almaktan kaçınmamıştır.

Ülkemizdeki büyük kırılma, 2010 halk oylamasıyla yaşanmış,  AK Parti ve Gülen Cemaati’nin yoğun işbirliği sonucu yasalaşan anayasa değişiklikleri ile vesayet rejiminin araçları ortadan kaldırırken, gülen cemaatinin yargıdaki  gücü artırılmış, demokratik reform adı altında, yeni bir vesayet sistemine zemin hazırlanmıştır. 

Kürt sorununun çözümü konusunda da farklı çözüm önerilere sahip olan ve çözüm konusunda PKK kadroları ile görüşmeyi  onaylamayan Gülen Cemaati , bu duruşunu, kendine bağlı yayın organları kanalıyla kamuoyuna deklere etmiştir. Oslo’da yapılan MİT-PKK görüşmesinin basına sızdırılması, bu bağlamda, yeni bilgi ve delilerle ulaşılması nedeniyle, savcılık kanalıyla 5 kişilik MİT heyeti hakkında  7 Şubat 2012 tarihinde soruşturma başlatılmıştır. Türkiye tarihinin en önemli siyasi krizlerinden biri yaşanmaya başlamış, yapılan bir kanuni düzenlemeyle, MİT elemanlarının ifade vermesi Başbakan’ın iznine bağlanmış, sorun çözülmüştür.